中央社消息，中选会表示，投票当日“中央选情中心”全台计算机联机计票结果，两组候选人得票数分别为：谢长廷与苏贞昌5445239票，马英九与萧万长得票为7658724票，不过，因为台北县汐止市第1563号投（开）票所投开票所报告表两组候选人得票数错置，台北县选委会也经法定程序更正两组候选人得票数。

　　中选会指出，经更正后，谢苏得票数为5444949票，马萧得票为7659014票，马萧得票数为最多，依法当选为第十二任“总统”、“副总统”。

　　另外“中选会”委员会议也审定通过全台湾性公民投票案第五案、第六案投票结果，因两案的投票率未超过50%，所以投票结果为否决，“中选会”除依法分别公告投票结果，并将投票结果分别函知第五案提案人之领衔人游锡堃及第六案提案人之领衔人萧万长。

    “中央选举委员会”28日还指出，依“举罢免法”规定，各组候选人选举得票数达当选票数三分之一以上者，应补贴其竞选费用，每票补贴新台币30元，但其最高额不得超过候选人竞选经费最高金额。由于马谢两组候选人“总统”大选得票数均达当选票数三分之一以上，依法可获得竞选费用补贴，马萧可获22977.42万元补助金，谢苏则可获16334.847万元，均未超过候选人竞选经费最高金额42095.5万元；国民两党自29日起三个月内可向“中选会”领取。