检体采取及检验过程欠严谨
　　
　　陈水扁在奇美医院的医疗废弃物未监管，又未妥善保存，手术切取之组织也未送病理检查。鉴识人员于事发后5天后才进行采证，专业不足。采证12天后才进行组织切片，显有延宕。组织病理检验私相授受，检体身分鉴定纪录、实验纪录、组织蜡块与病理切片下落不明。组织病理检查报告缺乏检验内容与判断依据资料等基本内容，显失严谨。　

　　陈水扁的内裤及西装裤无弹孔血迹，不合常理
　　
　　319奇美医院记者会所公布的陈水扁伤口照片，是随扈医师简雄飞所拍摄。当天侍卫长陈再福通知随扈医师陈水扁受伤，随扈医师简雄飞、萧自佑上车后，即发现陈水扁腹部有伤而决定送医。当天在奇美医院急诊室治疗时，现场有诸多奇美医院医护人员在场，因此伤口在抵达奇美医院前应已存在，但其内裤及西装裤均无弹痕及血迹，则启人疑窦。陈水扁腹部伤口的上缘在肚脐下约3公分，伤口宽约2公分，伤口的下缘在肚脐下约5至6公分的位置。李昌钰93年4月9日量测当时陈水扁西装裤的穿法：肚脐距裤缘上方8公分；距皮带上缘9公分；距皮带下缘12.7公分；距内裤上缘14公分。

　　但陈水扁319当天缝合伤口前的照片显示，内裤是穿在腰际间，非肚脐下14公分。西装裤部分，本会模拟调查及比对陈水扁2008年元月16日在圣露西亚海岸所摄照片，陈水扁裤腰上缘是在衬衫第6颗钮扣的位置，即肚脐附近。故陈水扁内裤及西装裤无弹痕及血迹，不合常理。李昌钰博士量测当天所穿的裤子，应是为避免压到伤口的特别穿法或特制的裤子。

　　祥泰专案执行有违失且有伪造文书之嫌
　　
　　319当天“总统府”侍卫室及“国安局”特勤中心相关人员于勤务实施前未通知地区祥泰医院，亦未安排随行救护车辆，事发后，陈再福未依祥泰专案执行， 匆忙询问未受特勤训练的司机及警卫之建议，送往奇美医院，均有违失。“总统府”侍卫室2004年7月19日祥泰专案计画，列奇美医院为台南地区首位区域医院。惟奇美医院答覆本会，319上午或前数日，亦未接获勘查讯息，2004年度未收到“总统府”通知执行祥泰专案之公文，1999年至2004年，亦未接获“总统府”祥泰专案计画之相关公文。据此，“总统府”侍卫室及“国安局”特勤中心相关文书列319当天奇美医院为祥泰医院，恐与事实不合，而有伪造文书之嫌。 
　　
　　维安工作乱无章法，事后推诿卸责
　　
　　2004年3月18日“国安局”第三处南部联络组接获情资“有年约三、四十岁貌似黑道之支持‘绿营’男子，扬言基于‘陈吕配’选势低迷，不排除在不伤及生命安危下，对李前‘总统’、陈水扁‘开二枪’并诿过蓝营，以激发本省籍选民之台湾人意识，协助扭转颓势。”319上午警政署副署长刘世林接获电话“南部有黑道准备于‘总统’竞选活动场合对空鸣枪”，但未获重视。

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