5月20日，正当举国处于哀悼汶川地震遇难者的悲痛气氛中，马英九在“总统府”正式宣誓就任台湾地区领导人。在发表就职演说时，马英九也提及了敏感的防务政策，他表示，“将编列合理的国防预算，并采购必要的防卫性武器”。这两句话是说给美国听的。解读意涵，潜艇是否采购仍是未知数，但F-16战机应该是买定了。
　　
　　“国防预算”和中美关系
　　
　　所谓“合理的国防预算”，究竟编列多少才算合理，并无定数。马英九在就职演说上表示，会维持岛内生产总值3%的军购预算，展现台湾自我防卫的能力和意志。
　　
　　在微妙的美台关系、两岸关系上，台湾既要改善两岸关系，又要向美国采购武器，国防经费又得控制在合理的数字范围内。买战机，弃潜艇，的确是马英九政府最可能的选项。
　　
　　马英九的就职演说，有关对美关系，尤其是军事采购方面，其演讲稿强调“编列合理预算、采购必要防卫性武器”，正显示了双边关系的未来关键所在。
　　
　　现在行政、立法都在国民党手里，“合理的国防预算”将成为对美的重要课题，就像迈阿密大学政治系教授金德芳所说的，如何使国民党占多数的立法院通过各项军售预算，如何采购“具防卫性质却又足以吓阻中国大陆武力进攻”的军备，都将是新政府面临的考验。
　　
　　军购计划初步成型
　　
　　台湾《中国时报》报道，马英九政府的第一任“国防部长”，由空军出身的陈肇敏出线，此举也意味着，F-16战机已优先排上台美军售的采购清单中。至于潜艇，因属战略武器，且国安会秘书长苏起于不分区立委任内，一直持保留态度，陈肇敏早年于国防部副部长任内的态度，也不是很积极，加上采购金额庞大，全案很可能“胎死腹中”。
　　
　　目前几项经常提及的军购，P-3反潜飞机堪称有最大共识，岛内各党派之间、台北与华盛顿之间皆然；八艘常规动力潜艇是难度最高的项目，不但花费昂贵，而且货源无着，更重要的是未必符合新执政团队的“防卫性”战略理念，因此前景趋于黯淡。
　　
　　F-16C/D战机是另一类。岛内各党派有共识，预算不是问题，美国国防部也主张卖，但据了解，美国国务院有意见。正如卡内基国际和平基金会的史文所说，美国担心这项军售“对台湾的军事利益比不上在两岸关系上要付出的政治代价”。

　　先租后买 F-16C/D进展更快
　　
　　在此之前，台湾国民党籍立委林郁方表示，66架F-16C/D型战机，也就是代号“凤隼专案”的预算案，立法院早已经通过，但因为美国一直不肯卖给台湾，立法院为了保持颜面，才决议冻结预算，只要美国同意卖给台湾，预算可立刻解冻采购。
　　
　　尽管如此，台湾军方还是向美方提出了租借40架的F-16C/D战机构想，并获美军认同，这将使台湾空军得以提前维持两岸空中力量的均势，节省了正式购入F-16后飞行员的作训时间。
　　
　　与此同时，美国方面不断为台湾F-16战机的军购案造势，美国防长盖茨与美国军方先后表态支持，目前只等待美方高层决定供售时机。
　　
　　军方的阻力来自于美国国务院的顾虑，早前有报道指出，美国方面可能会在中国大陆举办北京奥运之后，才向台湾出售F-16战机。分析指出，美国方面将这一时间点定在奥运之后，而不是马英九上台的“520”之后，主要是考虑不希望激怒中国。
　　
　　潜艇“搁浅” 台湾要自己造
　　
　　可能放弃潜艇军购案，确实是台湾方面的无奈之举，因为这不仅仅是“钱”的问题。
　　
　　美台在这笔总价值超过117亿美元巨额军购案利益划分上的分歧一直纠缠不清。2001年布什政府批准这项军购案时，当时预计整个计划总费用约28亿到50亿美元。而如今美方提出的整个计划费用达到117亿美元，这远超过国际军火市场上常规潜艇的售价，引起台湾岛内各界的严重不满。
　　
　　美国海军也反对台湾向美国采购常规潜艇的计划。美国海军早已停产常规动力潜艇，其水下舰队现在全部为核动力潜艇。如果要为台湾建造常规动力潜艇，必然需要重建常规潜艇的生产线。这样可能导致美国会从节约经费的角度考虑借机要求海军转而采购更便宜的常规潜艇。美国海军认为这将削弱其水下舰队的性能优势，同时也会增加后勤维护的困难，因此坚决反对。
　　
　　目前看来，台军方已经等不及如此长时间的军购拉锯战了。
　　
　　美国《防务新闻》报道，台军目前有4艘潜艇，其中两艘上世纪70年代购自美国，即“海狮”791号和“海豹”792号，是二战后期开始服役的，另两艘于上世纪80年代购自荷兰，被称为“海龙”793号和“海虎”794号。美国二战时期建造的那两艘潜艇，堪称世界上最古老的现役潜艇。随着大陆大批新型潜艇入役，台军的水下力量几乎可以被“无视”。
　　
　　鉴于美国方面的“扯皮”，台湾有人士表示，台湾有能力和智力实现自建潜艇计划，目前只是缺少美国的技术支持。台湾“中国造船公司”曾在阿根廷TR-1700型潜艇和挪威乌拉级210型潜艇的基础上，拿出过自己的潜艇设计方案。
　　
　　台湾“中国造船公司”曾建造了数百艘商船、油轮，还建造了8艘佩里级（成功级）护卫舰，目前正在建造30艘170吨级的“光华6号”导弹快艇。台湾表示，即使其他国家为台湾设计建造潜艇，“中国造船公司”也不会置身事外，该公司只需投入5000万美元，潜艇组装生产线即可就位。