上世纪80年代后期，由于台湾当局拒绝两岸“三通”，奉行单向的开放政策，限制大陆民众与台湾的正常交往，在沿海地区出现了大陆居民私渡去台的现象。台湾军警对大陆私渡入台人员采取不人道的强制“并船遣返”的做法，致使台湾海峡连续发生数起大陆同胞在遣返过程中遭受人身伤亡的事件。1990年7、8月间，发生了因“并船遣返”导致25人被集体钉在船仓内窒息死亡，以及21人因遣返船被台军舰撞击落水身亡等两起惨剧，台湾军警的残暴行径遭到两岸人民的一致谴责。

　　1990年8月，为避免再次出现死伤悲剧，切实解决私渡人员的遣返问题，中国红十字总会向台湾红十字组织建议，双方签定遣返作业协议，将私渡人员遣返纳入规范程序，使遣返作业在两岸红十字会组织的见证下进行。背受强大舆论压力的台湾当局，对于中国红十字总会的建议很快作出了积极的回应。考虑到签署协议需要实地考察遣返路线，同时也为了照顾台湾方面希望保密的要求，双方决定协商地点定在当时尚未解除“戒严”、仍是国民党“战地”的金门岛。

　　1990年9月11日上午，中国红十字总会秘书长韩长林等4人乘坐一艘悬挂白底红十字旗的铁壳船，从厦门东渡码头出发，径直朝金门方向航行。在下榻的“仁爱新庄”，韩长林等与台湾红十字组织秘书长陈长文等就两岸红十字组织参与见证主管部门执行海上遣返事宜进行了协商，并于12日签署了协议。双方本着切实解决问题、回避目前尚难以解决的两岸政治分歧的务实精神，就见证遣返的原则、对象和遣返程序等方面作了明确的规定。

　　“金门协议”虽然是以两岸红十字组织的名义签署的协议，但却得到两岸官方的认可和授权。1990年10月8日，双方根据“金门协议”第一次顺利进行了海上遣返工作，首批55名私自渡海去台的大陆居民从马祖回到了福州马尾港。此后，共有120多批近2万名违反有关规定进入对方地区的两岸居民和刑事嫌疑犯、刑事犯循“金门协议”的模式完成遣返。

　　“金门协议”的签署，不仅保证了两岸遣返作业的顺利进行和两岸同胞的生命安全，也为其后两岸的授权民间机构的商谈打下了良好的基础。

　　随着两岸经贸交流的迅速发展，人员往来以及各项交流活动的不断扩大，逐渐衍生出了一些有关两岸人民权益的棘手问题，有感于有共同解决事务性、功能性问题的迫切需要，两岸于1993年4月举行了的“汪辜会谈”，并签订了四项协议，迈出了两岸关系上具有历史意义的重要一步。